En la etapa de los Hospitalarios:
Los Hospitalarios se trasladan al casco urbano
En 1579, aprovechando la antigua ermita de San Sebastián, los Hospitalarios de San Juan de Dios fundan el Convento de San Juan de Dios, justo al lado del convento que en el mismo año inauguran los hermanos Mínimos de la Victoria. Era entonces un lugar descampado, a más de un kilómetro del casco urbano. Los Hospitalarios adquieren gran fama, y con ella muchos ingresos, favorecidos por la imagen de Ntra. Sra. de la Salud a la que se le atribuían curaciones milagrosas.
Bajo la Ermita dedicada a San Juan
La lejanía de la población hizo que se trasladasen al centro de la localidad, aprovechando una ermita dedicada a San Juan (donde hoy se ubica la Iglesia de la Victoria) donde construyen su iglesia y su hospital. En esta nueva ubicación no obtienen tantas limosnas y, en torno al 1650, deciden intercambiar el convento con los Mínimos de la Victoria, que seguían ubicados en el actual barrio de San Juan de Dios.
Etapa de los Victorios
Los Victorios llegan a Medina-Sidonia en el año 1579, ubicándose en un principio en la antigua ermita de San Sebastián, actual iglesia de San Juan de Dios); de ahí su vinculación con ella.
La iglesia resulta incendiada en el año 1873, abriéndose de nuevo al culto en 1875. La planta se compone de tres naves, con cúpula central sobre pechinas frente al altar mayor y nave central cubierta por bóveda de cañón y arcos fajones sustentados por gruesos pilares.
El primer piso se divide por tribunas y el coro. En el siglo XIX se convierte en escuela y viviendas para maestros.
XVII -XVIII Iglesia actual y convento
De esta forma, entre 1676 y 1709, estos religiosos van remodelando la iglesia y el convento, añadiendo incluso una torre en ladrillo que finalizan en 1703 en la Plaza de la Cruz, donde actualmente la vemos.
El convento, tras la marcha de los Victorios, se convierte a mediados del siglo XIX en escuela y viviendas para maestros para pasar finalmente a propiedad privada.
La Iglesia, que fue incendiada en 1873 y reabierta al culto en 1875.
Consta de tres naves y una gran cúpula sobre pechinas que estuvo decorada. La nave central se cubre con bóvedas de cañón con lunetos y arcos fajones sustentados por gruesos pilares. En el primer piso tiene tribunas y coro.
Respecto a las imágenes, se piensa que son obras de Martínez Montañés el “San José con el Niño” del Altar Mayor y el “San Francisco de Asís” de la capilla de la nave derecha. El Altar Mayor, con la Virgen de la Victoria, puede ser de la escuela de Pedro de Ribera. En el templo podemos encontrar, además, imágenes de “San Francisco de Paula”, “Cristo de la Humildad y Paciencia”, ( que actualmente se encuentra en la Iglesia Stma. la Mayor la Coronada de Medina Sidonia, ambas iglesias conforman la parroquia de Santa María) y la imagen del Stmo. Cristo de la sangre “Crucificado” del siglo XVII que se atribuye al famoso imaginero Alonso Cano, además se encuentran la talla de María Santísima del Mayor Dolor, atribuida a Diego Roldán, la talla del evangelista San Juan, Ntro Padre Jesús de la Columna y finalmente como mas reciente incorporación desde 2007 ( ya que antes nuestra sede canónica era la Iglesia del Apóstol Santiago El Mayor , Medina Sidonia), nuestro Titular, obra del afamado imaginero gaditano Luis González Rey (http://www.cadizcofrade.net/imagineros/grey.htm) , Ntro. Padre Jesús Cautivo de los Llanos (Vulgo de Medinaceli).
Imágenes de la Iglesia Ntra.Señora de la Victoria
